Se piensa que se formaron durante el período Pérmico, hace aproximadamente 250 millones de años, con la formación de un arrecife de 600 kilómetros de largo en un mar interior que cubría esta región del sur de los EEUU.

Hace ya más de mil años que los indígenas prehistóricos americanos se aventuraron a entrar en busca de refugio en el gran agujero conocido hoy como la "Entrada Natural de las Cavernas de Carlsbad", en el Estado de Nuevo México, un lugar que como pueden ver parece la mismísima entrada a los infiernos (hay evidencias arqueológicas de la presencia humana en los alrededores, como puntas de flecha, herramientas de piedra y fragmentos de cerámica).

Es muy posible además que este gran agujero, estas cuevas, no pasaran inadvertidas a los conquistadores españoles en su constante búsqueda de oro, plata y piedras preciosas en el desierto de Chihuahua. Sin embargo es probable que no encontrasen en las cuevas nada más que guano de murciélago.

Cuentan las antiguas leyendas de los Apaches Mescaleros que el "lamento del espíritu de la muerte" sale de este abismo, debido a la creencia de que en las Cavernas de Carlsbad se conservaban los espíritus de las mujeres muertas en el parto.

Se dice que en los primeros años del siglo XX, el vaquero Jim White, reconocido como el primer explorador anglosajón de las Cavernas de Carlsbad y gran amante de la ópera, mientras escuchaba Madame Butterfly en un viejo gramófono, vio una columna de humo levantarse desde el desierto, sólo entendiendo más tarde que no era el humo de un incendio, sino millares de murciélagos. Atraído por el vuelo espectacular de miles y miles de estos murciélagos, Jim White construyó una escalera de palos y alambre y descendió por esta entrada natural para explorar las cuevas.

Maravillado por el descubrimiento, no tardaron en hacerse famosas las fotos del impactante lugar, llegando la noticia a Washington D.C. en 1923. Más tarde, gracias a las exploraciones realizadas por el Dr. Willis T. Lee en 1924, se alcanzó el reconocimiento mundial de este lugar gracias a la revista National Geographic, y 6 años después, para proteger el sistema de cuevas, se fundó el Parque Nacional de las Cavernas de Carlsbad (que sería declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1995).

A las afueras de la Entrada Natural, desde el anfiteatro que hay justo al lado, en las tardes de verano se puede observar el espectacular vuelo nocturno de los murciélagos que salen de las Cavernas volando en espiral, un éxodo que puede durar entre 20 min y 2,5 h, para ir a alimentarse de polillas y otros insectos rumbo sureste, hacia el valle del Rio Pecos.

Ya en las cuevas, en la actualidad en recorrido actual abierto al público es de unos 5 km, que tarda en hacerse unas 2.5-3h, a unos 13ºC y una humedad relativa entorno al 90% (la ruta no se recomienda a personas que tengan dificultad para caminar o con problemas respiratorios o cardiacos).

El musgo verde crece en las rocas de las cavernas, en penumbra permanente. y poca flora más, pero pueden encontrarse aquí serpientes, ratones y mapaches p.e.

Muchas cámaras, salas y estructuras increíbles pueden visitarse en este lugar (la Cámara de la Reina, el Palacio del Rey, la Roca del Témpano de hielo flotante, el Campo Santo, el Salón de Gigantes, el Salón Grande, el Salón del niño indio, el Domo Gigante y los Domos Gemelos, la Cueva Lechuguilla, el Lago del Espejo y el Foso sin Fondo, etc...), pero sin duda una de las estructuras más sorprendentes que pueden verse en estas cavernas son los nidos de "perlas de caverna", que se forman cuando el agua que gotea pierde dióxido de carbono y precipita la calcita. 

Una perla de caverna se forma cuando el agua se mueve con gran fuerza para formar una estalagmita. Un núcleo, como puede ser un grano de arena, se recubre con calcita poco a poco mientras la corriente hace girar ese núcleo de modo que se va recubriendo de manera uniforme (se cree que la acción microbiana podría también estar presente para formar estas "perlas"). De esta manera, las capas concéntricas se acumulan con el paso del tiempo, al igual que se forma una perla dentro de un molusco.